随着种子商品化程度的不断提高，我国有望于2015年成为全球*大的种子销售市场。但与此形成鲜明对比的是，我国还没有一家种业企业能进入全球前10强，在种业知识产权领域处于明显弱势地位，市场份额不断被跨国种业巨头“侵蚀”。
近年来，我国建立了以新品种保护为核心的种业知识产权制度，加大了打击侵犯品种权行为的力度，促进了授权品种的转化应用，知识产权管理水平有所提高，但在应对国际竞争，有效支撑种业未来发展方面还面临着极大挑战。
种业企业知识产权拥有量少截至2013年底，我国农业部受理的种业企业品种权申请量为4253件，授权量1313件。按照5200家种业企业基数计算，平均每家企业只有0.8件申请，0.25件品种权。而孟山都公司在全球拥有授权专利30831件，先锋国际良种有限公司拥有8348件，先正达国际农业生物技术公司17479件，差距悬殊。
种业知识产权质量不高首先，在品种权申请中，玉米、水稻和小麦等大田作物的申请量占80％以上，作为发达国家育种研发重点的花卉、蔬菜、水果和其他经济作物等领域的申请量仍然很少。其次，国内种业企业缺乏长远眼光，创新度低的商业修饰型多，原创性的主控品种少；急功近利型的短线品种多，防御型、战略型的原创品种少。此外，99％的品种权申请都集中在国内，到2008年我国向国外的品种权申请仅58件，和荷兰、美国、德国等发达国家差距很大。
科研单位种业科技创新转移转化渠道不畅目前，我国种业科技创新主要集中在科研单位，在品种权申请人当中，教学科研单位占国内申请总量的58.49％，企业只占35.65％；在授权品种中，教学科研单位占国内授权总量的63.56％，国内企业占32.11％。不同于国外育种企业，我国现代育种过程是一个分布在不同学科中、由不同科研院所分别承担的任务，这就造成了育种结果的分散、不系统和推广难。
种业知识产权保护目标不清晰现阶段对于科研院所，知识产权保护很大程度上是为了完成项目任务、报奖、评职称；对于种业企业，有一部分是为了获得政府项目支持、获得高科技企业称号。
